El propósito del nuevo programa es formar investigadores autónomos en la Didáctica de las Ciencias Naturales o de las Ciencias Sociales, que aporten a la construcción de conocimiento valido, pertinente e innovador en la enseñanza, el aprendizaje y la formación docente en los diferentes niveles de la educación.
El doctorado en Didáctica es el primero en esta modalidad tanto en Colombia como en América Latina, y el décimo octavo en el mundo.