Su proyecto fue presentado desde la Facultad de Ciencias de la Universidad de Ginebra, en el Laboratorio de Neurociencia y Visión por Computador, consiste en la rehabilitación de personas en situación de discapacidad visual, a través del diseño de una Neuroprótesis que se encarga de generar y registrar señales neurales y por lo tanto estimular los sentidos, esta convierte sonidos en imágenes y los envía a la parte visual del cerebro, para que estos sean decodificados nuevamente en imágenes, obteniendo excelentes resultados de recuperación a nivel clínico.
La tarea de Juan Diego Gómez continúa al ser director e investigador de BIOS Manizales, un centro de bioinformática que responde a los nuevos retos que buscan la innovación y el incremento de la productividad a través de recursos biológicos. Su campo actual se basa precisamente en la investigación de sistemas biológicos y modelos computacionales, con lo que ha logrado llevar y presentar su trabajo de investigación al exterior y obtener reconocimiento por ello.